Definisi

PacBio sequencing (Pacific Biosciences Single-Molecule Real-Time Sequencing) adalah metode sekuensing DNA genom yang memungkinkan sekuensing DNA secara langsung tanpa perlu dikloning. PacBio sequencing menggunakan teknologi Single-Molecule Real-Time (SMRT) untuk mendeteksi dan merekam urutan basa DNA secara real-time saat DNA melewati sebuah nanowell.

Metode PacBio Sequencing

Berikut adalah langkah-langkah umum dalam PacBio sequencing:

  1. Preparasi DNA: DNA genom diekstrak dari sel dan dipreparasi untuk sekuensing.
  2. Pembuatan pustaka: DNA genom dipreparasi menjadi library khusus untuk PacBio sequencing.
  3. Pengikatan DNA: DNA genom diikat ke adaptor dan diimobilisasi pada nanowell dalam SMRT Cell.
  4. Sekuensing: DNA genom di-sekuensing secara real-time menggunakan enzim DNA polimerase dan fluorescent probes.
  5. Analisis data: Data fluorescent dikonversi menjadi urutan DNA.

Keuntungan PacBio Sequencing

PacBio sequencing memiliki beberapa keuntungan dibandingkan dengan metode sekuensing DNA lainnya, yaitu:

  • Lebih panjang: PacBio sequencing dapat menghasilkan urutan DNA yang lebih panjang dibandingkan dengan metode sekuensing DNA lainnya.
  • Lebih akurat: PacBio sequencing menghasilkan urutan DNA yang lebih akurat dibandingkan dengan metode sekuensing DNA lainnya.
  • Lebih cepat: PacBio sequencing dapat menghasilkan urutan DNA lebih cepat dibandingkan dengan metode sekuensing DNA lainnya.

Kekurangan PacBio Sequencing

PacBio sequencing memiliki beberapa kekurangan, yaitu:

  • Lebih mahal: PacBio sequencing lebih mahal dibandingkan dengan metode sekuensing DNA lainnya.
  • Error rate: PacBio sequencing memiliki error rate yang lebih tinggi dibandingkan dengan metode sekuensing DNA lainnya.
  • Kompleksitas: PacBio sequencing membutuhkan infrastruktur dan keahlian yang lebih kompleks dibandingkan dengan metode sekuensing DNA lainnya.

Aplikasi PacBio Sequencing

PacBio sequencing memiliki berbagai aplikasi dalam bidang penelitian dan teknologi, yaitu:

  • Penelitian genom: PacBio sequencing dapat digunakan untuk mempelajari struktur dan fungsi genom.
  • Diagnosis penyakit: PacBio sequencing dapat digunakan untuk mendiagnosis penyakit genetik.
  • Pengembangan obat: PacBio sequencing dapat digunakan untuk mengidentifikasi target obat baru.
  • Metagenomik: PacBio sequencing dapat digunakan untuk mempelajari komunitas mikroba.

Kesimpulan

PacBio sequencing adalah metode sekuensing DNA genom yang canggih dan inovatif yang memungkinkan sekuensing DNA secara langsung tanpa perlu dikloning.

Komentar

Posting Komentar