Definisi

BAC sequencing (Bacterial Artificial Chromosome Sequencing) adalah metode sekuensing DNA genom yang melibatkan kloning DNA genom ke dalam bakteri dan kemudian disekuensing. BAC adalah vektor kloning yang dapat menampung DNA genom besar, hingga 300 kb.

Metode BAC Sequencing

Berikut adalah langkah-langkah umum dalam BAC sequencing:

  1. Preparasi DNA: DNA genom diekstrak dari sel dan dipreparasi untuk kloning.
  2. Fragmentasi DNA: DNA genom dipecah menjadi fragmen-fragmen besar dengan menggunakan enzim restriksi.
  3. Kloning: Fragmen-fragmen DNA dikloning ke dalam vektor BAC dan kemudian ditransformasikan ke dalam sel bakteri.
  4. Pemilihan klon: Koloni bakteri yang mengandung DNA genom diidentifikasi dan diisolasi.
  5. Sekuensing: DNA genom dalam BAC di-sekuensing menggunakan metode Sanger sequencing atau metode sekuensing generasi berikutnya (NGS).
  6. Assembling: Urutan DNA dari BACs dirakit kembali untuk menghasilkan urutan DNA lengkap genom.

Keuntungan BAC Sequencing

BAC sequencing memiliki beberapa keuntungan dibandingkan dengan metode sekuensing DNA lainnya, yaitu:

  • Lebih stabil: BACs lebih stabil dibandingkan dengan vektor kloning lainnya, sehingga DNA genom yang dikloning lebih aman.
  • Lebih mudah: BAC sequencing lebih mudah dilakukan dibandingkan dengan metode sekuensing DNA lainnya.
  • Lebih murah: BAC sequencing dapat digunakan untuk sekuensing genom dengan biaya yang lebih murah dibandingkan dengan metode sekuensing DNA lainnya.

Kekurangan BAC Sequencing

BAC sequencing memiliki beberapa kekurangan, yaitu:

  • Lebih lambat: BAC sequencing lebih lambat dibandingkan dengan metode sekuensing DNA lainnya.
  • Membutuhkan banyak data: BAC sequencing menghasilkan banyak data yang perlu dirakit kembali, which can be computationally expensive.
  • Kesulitan dalam assembling: Assembling urutan DNA dari BACs dapat menjadi rumit, terutama untuk genom yang besar dan kompleks.

Aplikasi BAC Sequencing

BAC sequencing memiliki berbagai aplikasi dalam bidang penelitian dan teknologi, yaitu:

  • Penelitian genom: BAC sequencing dapat digunakan untuk mempelajari struktur dan fungsi genom.
  • Diagnosis penyakit: BAC sequencing dapat digunakan untuk mendiagnosis penyakit genetik.
  • Pengembangan obat: BAC sequencing dapat digunakan untuk mengidentifikasi target obat baru.
  • Forensik: BAC sequencing dapat digunakan untuk identifikasi individu.

Kesimpulan

BAC sequencing adalah metode sekuensing DNA genom yang mudah, murah, dan stabil. 

Komentar

Posting Komentar